Studi In Silico dari Metabolit Invertebrata Laut Indonesia terhadap Protein ACE2 dan Spike Protein SARS-CoV-2 Varian Omicron

Abstrak

Indonesia memiliki keanekaragaman hayati laut yang kaya, termasuk biota laut dengan kandungan senyawa bioaktif yang berpotensi digunakan untuk mengatasi COVID-19. Dalam penelitian ini, kami mengeksplorasi metabolit sekunder yang diisolasi dari invertebrata laut di Indonesia. Sebanyak 137 senyawa dari berbagai jenis invertebrata telah disaring terhadap enzim ACE2 dan protein spike varian Omicron dari SARS-CoV-2. Dalam kaitannya, dilakukan analisis molecular docking dan prediksi ADMET untuk mengidentifikasi senyawa terbaik. Studi dinamika molekuler juga dilakukan guna mengetahui stabilitas interaksi antara senyawa dengan ACE2 serta domain pengikat reseptor (RBD) dari protein spike virus Omicron. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa acanthomanzamine E dan cortistatin L memiliki aktivitas penambatan molekular yang baik sebagai penghambat ACE2 dan protein spike Omicron SARS-CoV-2, dengan energi ikatan masing-masing sebesar -12,87 dan -9,96 kkal/mol. Hasil analisis ADMET juga menunjukkan bahwa kedua senyawa tersebut memiliki karakteristik drug-likeness yang menjanjikan, dengan pengecualian minor pada koefisien partisi (logP) dan waktu paruh. Kesimpulannya, acanthomanzamine E dan cortistatin L menunjukkan potensi yang signifikan sebagai senyawa utama (lead compounds) untuk pengembangan obat yang menargetkan ACE2 dan sebagai penghambat SARS-CoV-2.